Công trình Viện Bảo tàng Dân tộc học do kiến trúc sư Hà Đức Lịnh, người Tày thiết kế. Nội thất được thiết kế bởi nữ kiến trúc sư Véronique Dollfus (người Pháp). Bảo tàng gồm ba khu trưng bày chính:
- Khu trưng bày trong tòa Trống Đồng: không gian trưng bày thường xuyên giới thiệu 54 dân tộc ở Việt Nam trải rộng trên 2 tầng của toàn nhà với sự bố trí nội dung tham quan rất logic.
- Khu trưng bày ngoài trời: là một vườn cây xanh trong đó có 10 công trình dân gian với các loại hình kiến trúc khác nhau.
- Khu trưng bày Đông Nam Á (do Kiến trúc sư Nguyễn Mạnh Thu và Doãn Thế Trung thiết kế): Khởi công xây dựng vào năm 2008 và khánh thành vào ngày 30/11/2013 sau 6 năm xây dựng với diện tích khoảng 500 ha. Đây là nơi giúp khách tham quan hiểu hơn về các quốc gia trong khu vực Đông Nam Á thông qua các hiện vật trưng bày.
- Ngoài ra là khu vực cơ quan: cơ sở nghiên cứu, thư viện, hệ thống kho bảo quản hiện vật...